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常見下呼吸道感染（lower respiratory tract infection，LRTI）如社區(qū)獲得性肺炎（community⁃acquired pneumonia，CAP）、醫(yī)院獲得性肺炎（hospital⁃acquired pneumonia，HAP）、免疫抑制宿主肺炎、慢性阻塞性肺疾病急性加重、支氣管擴張癥合并感染等，其臨床表現(xiàn)多樣，感染病原微生物種類復雜，致病性感染和定植的鑒別困難，加之不斷增長的微生物耐藥性，加重了患者感染性疾病精準和有效治療的難度。近年來PCR技術(shù)、以癥候群為基礎(chǔ)的多靶標檢測，以及高通量測序技術(shù)的應(yīng)用發(fā)展，大幅提升了感染性疾病的病原體快速、準確診斷能力。為了規(guī)范宏基因組測序技術(shù)（Metagenomics Next Generation Sequencing，mNGS）在下呼吸道感染性疾病中的臨床應(yīng)用實踐，今年國內(nèi)專家陸續(xù)整理發(fā)布《下呼吸道感染宏基因組二代測序報告臨床解讀路徑專家共識》、《宏基因組學測序技術(shù)在成人醫(yī)院獲得性肺炎中的臨床應(yīng)用專家共識》。

下呼吸道感染宏基因組二代測序報告

臨床解讀路徑專家共識

1、適用的疑似LRTI臨床場景：

“（1）免疫抑制宿主疑似發(fā)生LRTI且臨床表現(xiàn)提示非CAP常見病原微生物所致者。（2）LRTI患者發(fā)病初期即出現(xiàn)需要使用血管活性藥物的感染性休克、需要有創(chuàng)機械通氣的呼吸衰竭、多臟器功能不全等危及生命的狀況時；LRTI經(jīng)規(guī)范經(jīng)驗性抗感染治療48~72h后，感染癥狀仍持續(xù)加重或影像學快速進展者。（3）聚集性發(fā)病疑似具有傳染性、但無法明確病原體的LRTI；有特殊病史且經(jīng)驗性治療無效，病情較為嚴重的LRTI；臨床考慮特殊病原體（如鉤端螺旋體、嗜肺軍團菌、鸚鵡熱衣原體等）感染且病勢迅疾或遷延者，常規(guī)培養(yǎng)困難或所在醫(yī)療機構(gòu)無法提供可靠的傳統(tǒng)檢測方案時。（4）患者有LRTI癥狀或影像表現(xiàn)，經(jīng)規(guī)范抗感染治療后病灶吸收延遲、病程遷延，需鑒別是否由非感染性疾病所致，可以在常規(guī)病原微生物檢測、感染生物標志物、病理等相關(guān)檢查同時送檢mNGS以幫助鑒別診斷�！�

2、不建議的LRTI臨床場景：

“（1）免疫功能健全宿主罹患LRTI，經(jīng)過規(guī)范的經(jīng)驗性抗感染治療病情已好轉(zhuǎn)。（2）已通過其他方法獲得病原學結(jié)果，與臨床特點相符，或針對性治療有效�！�

3、標本選擇、采集和運送規(guī)范

及質(zhì)量評估方面：

根據(jù)LRTI特點選擇mNGS送檢標本類型（如下），主要為痰（含誘導痰）、支氣管肺泡灌洗液（bronchial alveolar lavage fluids，BALF）和各種經(jīng)支氣管鏡肺活檢標本等，采集時盡量避免污染，由專業(yè)醫(yī)護人員按照規(guī)范采集方法和送檢流程處理。

此外，RNA病毒引起的LRTI建議首選PCR檢測或相應(yīng)的抗原檢測，當?shù)蒯t(yī)療機構(gòu)無相應(yīng)檢測能力或PCR檢測陰性但依然高度懷疑時，可在送檢mNGS DNA測序的同時進行RNA測序，包括RNA病毒感染流行季節(jié)，LRTI合并免疫抑制宿主、發(fā)熱伴嚴重血小板減少或凝血功能障礙、急性肝腎功能損害、急性神經(jīng)系統(tǒng)癥狀等。

4、檢測報告內(nèi)容及解讀方面：

mNGS檢測報告應(yīng)包含：標準化后的微生物特異性讀長（reads）數(shù)/序列數(shù)、標準化中英文名稱、相對豐度、閾值、基因組覆蓋度圖�？蛇x內(nèi)容如：相應(yīng)部位病原微生物列表、微生物序列與人源核酸序列的比值、測得總序列數(shù)、質(zhì)量合格序列數(shù)、可比對至微生物數(shù)據(jù)庫序列數(shù)、測序質(zhì)控圖、耐藥基因、毒力基因等。可區(qū)分細菌、病毒、真菌、寄生蟲、特殊病原體（支原體、衣原體、立克次體等）5大類，分別展示。

檢測報告應(yīng)用于LRTI診斷時，需注意分析報告質(zhì)量，判斷結(jié)果可信程度，并對mNGS檢測出的微生物進行分級，根據(jù)臨床特征、綜合進行臨床決策（如下圖），慎重對待mNGS陰性結(jié)果臨床決策，按需組織多學科會診（multi⁃disciplinary treatment，MDT）、回顧性分析總結(jié)。mNGS報告解讀中出現(xiàn)多種病原微生物、低reads數(shù)微生物，以及針對不同標本類型，可根據(jù)共識規(guī)范指導具體分析。另外，受限于序列讀長和測序深度等影響，mNGS中耐藥基因和毒力基因的檢測結(jié)果應(yīng)謹慎解讀。

總之，當前mNGS可作為LRTI常規(guī)臨床微生物檢測技術(shù)的補充，但需遵循標準規(guī)范的樣本采集、數(shù)據(jù)分析和臨床解讀流程，合理用于LRTI臨床實踐。通過mNGS臨床應(yīng)用經(jīng)驗的不斷積累，高質(zhì)量的臨床研究積累循證醫(yī)學證據(jù)，進一步促進測序技術(shù)在感染性疾病的精準診斷應(yīng)用標準化，專業(yè)化。

宏基因組學測序技術(shù)在成人醫(yī)院

獲得性肺炎中的臨床應(yīng)用專家共識

為了促進和規(guī)范mNGS在醫(yī)院HAP診療中的合理應(yīng)用，促進病原體的診斷、正確判讀檢測結(jié)果，中國醫(yī)學救援協(xié)會重癥醫(yī)學分會組織部分重癥醫(yī)學、呼吸病學、檢驗醫(yī)學、急診醫(yī)學等相關(guān)領(lǐng)域的專家共同研討并制定15點共識。

共識1：建議HAP患者開展mNGS檢測時，最好采集BALF或者氣道抽吸物。

共識2：建議HAP患者如存在免疫功能低下、基礎(chǔ)疾病嚴重或病情危重時，且在經(jīng)濟允許的情況下，進行微生物培養(yǎng)送檢的同時開展mNGS檢測。

共識3：在流感病毒、冠狀病毒等RNA病毒流行期間，建議HAP患者開展mNGS檢測時，首選DNA和RNA檢測項目。

共識4：建議HAP患者開展mNGS檢測時，要求相關(guān)實驗室測序數(shù)據(jù)量至少保證10M以上。

共識5：建議HAP患者開展mNGS檢測時，臨床檢測報告中要體現(xiàn)內(nèi)參和對照品的檢測合格性。

共識6：建議HAP患者開展mNGS檢測時，檢測結(jié)果要結(jié)合基礎(chǔ)疾病史、臨床其他檢測結(jié)果綜合考慮。

共識7：建議HAP患者開展mNGS檢測時，如檢測到多種細菌時，需要考慮混合感染，同時結(jié)合臨床表現(xiàn)綜合考慮主要感染源。

共識8：建議HAP患者開展mNGS檢測時，如檢測到毒力基因，需要重點考慮高毒力肺炎克雷伯菌，如檢測到耐藥基因，避免使用耐藥基因?qū)��?yīng)的抗生素，但可以通過藥敏試驗對耐藥基因進行驗證。

共識9：建議HAP患者開展mNGS檢測時，如患者為嚴重的粒細胞減少或嚴重的細胞免疫缺陷繼發(fā)HAP時，除重點關(guān)注一般細菌外，真菌、病毒和胞內(nèi)菌等機會性感染也需重點關(guān)注。

共識10：建議HAP患者開展mNGS檢測時，如檢測到嗜肺軍團菌，需要考慮是否存在院內(nèi)供水污染等情況。

共識11：建議HAP患者開展mNGS檢測時，如檢測到支原體和衣原體，需要考慮是否存在院內(nèi)污染。

共識12：建議HAP患者開展mNGS檢測時，如檢測到常見的口腔定植菌，需要考慮是否存在機械通氣和誤吸等情況。

共識13：建議HAP患者開展mNGS檢測時，如患者有持續(xù)性嚴重的免疫缺陷癥如艾滋病、中性粒細胞減少癥等，檢測到真菌且針對用藥無效時，需要結(jié)合流行病學情況等考慮真菌耐藥的可能。

共識14：建議HAP患者開展mNGS檢測時，如檢測到常見的呼吸道相關(guān)病毒時，結(jié)合該病毒流行病學情況，同時關(guān)注患者是否存在流行病學接觸史，參考血清IgM抗體和 IgG 抗體的情況綜合考慮。

共識15：建議HAP患者開展mNGS檢測時，如果檢測結(jié)果為陰性，可以針對臨床可疑的微生物進行PCR驗證，同時陰性結(jié)果對于排除感染具有較好的陰性預(yù)測意義，但需要結(jié)合其他檢測結(jié)果綜合考慮。